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07 mar 2010

Vacca magra

Finanziamenti

Diventano tangibili altre conseguenze dei ‘tagli alla ricerca’. Non riguardano solo il blocco di nuove assunzioni o i rinnovi di contratto dei precari, di cui si parla e si scrive già tanto.

Nel dipartimento in cui sono ospitato, all’Istituto Superiore di Sanità, è stato annullato un fondo che metteva a disposizione alcune migliaia di euro ogni anno per finanziare viaggi all’estero e presentare, a congressi scientifici, i risultati del lavoro svolto. Bye bye.
La biblioteca centale dell’Istituto ha annunciato che non sarà possibile rinnovare tutti gli abbonamenti annuali alle riviste scientifiche e che quelli per alcune riviste ritenute ‘minori’ saranno annullati. Minori. Bah. Per qualcuno di noi, tanto minori non saranno, forse, e quei ricercatori si sentiranno un po’ più isolati di prima.

Post D.O.C. parte per le nevi della Valle d’Aosta. Buona settimana a tutti ed arrivederci al 15 Marzo!

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03 mar 2010

Nella giungla delle "omics"

Omics

Sembra sia giunto il momento dello epigenoma, la mappatura dei modi in cui viene adoperato il genoma. Statico, uguale in tutte le cellule di un organismo, il genoma puo’ esser visto come un libro-progetto per il funzionamento di tale organismo, senza istruzioni che ci dicano quali pagine occorre leggere per fare questo o quello. In prima approssimazione, il genoma e’ un po’ come un grosso tomo senza indice analitico: pieno zeppo di informazioni, ma scorrendolo non sai quali ti serviranno.
L’epigenoma prova a spiegarci qualcosa in piu’: intende mappare tutte le modifiche che possono essere adottate sul genoma per renderlo utilizzabile in una data sua area, oppure silente in un’altra area. Ed allora l’epigenoma potra’, forse, spiegarci perche’ un neurone fa cose diverse da un macrofago, pur avendone lo stesso genoma. Si spera che sara’ possibile anche conoscere l’epigenoma delle cellule tumorali, quelle della prostata, come quelle del polmone.

Benvenuto all’epigenoma allora, ma io, confesso, sono sempre piu’ confuso. Da quasi un anno cerco di studiare le variazioni del trascrittoma indotte da basse dosi di radiazioni ionizzanti. Nel trascrittoma c’e’ l’intera collezione dei ‘messaggi di istruzione’ che sono stati scritti dal ‘libro mastro’, il genoma, affinche’, salvo altre discrezioni, venga prodotta questa o quella proteina. Il trascrittoma cambia, oltre che in funzione del tipo di cellula che si osserva, con il trattamento cui la si sottopone. Dal trascrittoma si puo’ provare a comprendere, se non si impazzisce prima, in quale processo biologico si impegnano le cellule quando sono sottoposte ad un certo trattamento. C’era molto entusiasmo per l’analisi del trascrittoma, qualche anno fa, al punto che chi raccontava di stare misurando le alterazioni del trascrittoma era considerato uno figo, oltre che dotato di buoni finanziamenti, dato che la tecnica era costosa.
E poi, preso atto che uno i messaggi di istruzioni li puo’ pure ignorare, oppure li puo’ leggere molte volte e realizzare il prodotto finale in molte copie, partendo da un unico bozzetto, si e’ cominciato a credere che il trascrittoma non ci avrebbe portati, da solo, troppo lontano. Forse ci avrebbe pensato il proteoma, l’insieme di tutte le proteine presenti in un dato momento in un dato tipo di cellule, eventualmente in corrispondenza ad un certo trattamento. Mmmmm. E dopo il proteoma, giunse in aiuto anche il fosfo-proteoma, che a differenza del primo sa distinguere anche quale proteina e’ attiva nel fare ‘qualcosa’ da quale sta ferma li’ pronta per essere attivata, ovemai ne avesse bisogno. La proteina p53, per esempio, puo’ fare cose molto diverse a seconda di dove venga fosforilata, cioe’ dove le verra’ legato un gruppo fosfato. Il ruolo di p53 e’ piu’ chiaro se si guarda il fosfoproteoma che non il trascrittoma.

Addentrandosi nei legami logici tra DNA (genoma), DNA ‘con segnalibri’ (epigenoma), RNA (trascrittoma), array di microRNA e proteine (proteoma e fosfoproteoma) ci si accorge poi che il flusso dell’informazione e della produzione non va nemmeno a senso unico, come si pensava qualche anno fa.
Sembra allora che nessuno di questi approcci, preso da solo, ci permette di trarre conclusioni degne di esser chiamate tali. E proprio mentre mi illudevo di aver avuto l’intuizione del mese, secondo cui nel futuro occorrera’ puntare sui punti di intersezione tra questi approcci, scopro che qualcuno ci ha gia’ pensato da parecchi anni, anche prima che si pensasse all’epigenoma: i giapponesi del progetto KEGG. Meglio tornare a studiare, allora. L’intuizione del mese dovra’ farsi attendere ancora un po’.

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02 mar 2010

Tante perdite, ma anche tanta dignita'

Assaggi

Stamattina ero a L’Aquila con alcuni colleghi romani, al polo di Coppito, per discutere di ricerca e di prospettive comuni, con altri colleghi del luogo.
Mi hanno mostrato le crepe sulle pareti dell’Universita’, ed a terra i calcinacci che sono caduti il 6 aprile 2009 durante la scossa di terremoto che ha devastato quella terra. Impressionante.

Lungi dal confrontare i danni subiti dalla ricerca scientifica con quelli umani che hanno subito i cittadini de L’Aquila, i racconti di questi colleghi Abruzzesi parlano anche di un’altra forma di distruzione.
Anni di lavoro buttati via; campioni sperimentali ottenuti con la costanza ed il sacrificio di mesi, anni di lavoro, sono andati perduti perche’ i freezer in cui erano custoditi non avevano piu’ corrente elettrica. Perdite inestimabili, perche’ in alcuni casi riguardavano lavoro intellettuale che non e’ piu’ possibile ripetere. Ed il dolore di dover mandare via gli studenti, cercandogli ospitalita’ presso altre Universita’, per ricominciare il lavoro che avrebbe dovuto portarli presto alla tesi di laurea, o al dottorato, e che invece gli e’ sfuggito via in una notte.

Ma sopratutto, quanta dignita’ in queste persone, che si sono adattate ad andare avanti, in questi mesi scorsi, in condizioni di improvvisazione.

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28 feb 2010

Henrietta l'immortale

Cancro

Una delle colture cellulari piu’ comunemente usata nel laboratorio in cui lavoro, all’Istituto Superiore di Sanita’, e’ una “linea” di fibroblasti di pelle avente nome di battesimo AG01522. Si tratta di cellule provenienti dalla pelle di un neonato¹ che visse soli 3 giorni, e che furono messe in coltura nel lontano Gennaio del 1976. Le pubblicazioni scientifiche che sono risultate dall’uso di queste cellule sono numerosissime. Per ragioni che non comprendo appieno, si tratta di una sorta di standard di coltura cellulare umana normale (non tumorale ne’ immortale). La usavano di routine anche nei due laboratori in cui ho lavorato in passato. Proprio perche’ non sono immortali, queste cellule non possono essere tenute in coltura per tempi indefiniti. Dopo alcune settimane d’uso, inesorabilmente, le cellule diventano senescenti e la loro proliferazione si arresta. Per lavorarci ancora su, dunque, si preleva un altro campione dall’azoto liquido, piu’ fresco, ma verra’ il giorno in cui nessuno ne avra’ piu’ di queste AG01522. Avremo tutti esaurito le scorte.

La signora Henrietta Lacks, invece, e’ immortale. Ad Henrietta fu diagnosticato un cancro uterino che le tolse la vita in pochi mesi. Era il 1951, presso Baltimora, nell’America della segregazione razziale. Henrietta era una donna nera. Tre ricercatori riiuscirono a mettere in coltura delle cellule provenienti dall’adenocarcioma di Henrietta, con un brodo di coltura sperimentato da loro stessi. Raggiunsero un risultato mai visto prima: le cellule proliferavano, senza arrestarsi mai. Da allora, le cellule di HeLa, la prima coltura immortale, sono diventate uno standard di cellule umane trasformate (pre-tumorali o tumorali). Come si legge in una critica di Steve Silberman², l’uso sperimentale delle HeLa ci ha portati allo sviluppo di vaccini contro la poliomelite e contro il papillomavirus. Una ricchezza inestimabile, e grazie ad una donna di una famiglia povera, oltre che discriminata.

¹ Precisamente, dal prepuzio. Cio’ causa una certa ilarita’ tra gli amici di chi lavora con queste cellule.

² The Woman Behind HeLa, critica di Steve Silberman al nuovo libro di Rebecca Skloot, ‘The immortal life of Henrietta Slacks’. Nature 463, 610 (4 February 2010)

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24 feb 2010

Il privilegio dell'ignoranza

Radiobiologia

La riunione di oggi era centrata sull’esame di alcuni dati sperimentali di un gruppo con cui si potrebbe mettere in piedi una collaborazione scientifica. Due dei componenti del nostro gruppo di ricerca sono appena stati in visita da loro e sono rientrati carichi di entusiasmo. I dati sperimentali dei futuribili collaboratori sono interessanti; facciamo cose vicine e sicuramente confrontabili.
Le conseguenze di alcuni dei loro risultati ci hanno dato del filo da torcere. La stanza era densa di domande. C’era chi cercava di spiegare al vicino che cosa potesse significare questo o quell’altro fenomeno. C’erano pensieri e parole che si incrociavano. A tratti, un po’ di disordine. Alcune interpretazioni sono decisamente anti-intuitive, ma solo perche’ l’intuizione si basa su anni di pensiero “all’antica”, in cui non c’era posto, ancora, per i fenomeni che sono stati osservati e sommariamente descritti solo negli ultimi anni. Dei quali si conosce ancora poco.
Evidentemente, non sappiamo, ma esser ignoranti ci offre il privilegio di mettere in moto la fantasia e fare previsioni. Saranno i migliori esperimenti che riusciremo ad immaginare, quelli che sopravviveranno alla selezione spietata della critica, a prender vita nelle cappe laminari, negli incubatori e sui microscopi.
Dubito, ergo cogito, diceva un tipo saggio, 4 secoli fa.

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