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30 dic 2009

Sherlock Holmes molecolari

Omics

Il 25 Dicembre, durante la digestione di un poderoso tacchino marinato, mi ritrovavo a passeggiare nella Villa Comunale di Napoli insieme a Fabio, un giovane dotato di straordinaria curiosità per il genere umano e le sue attività. Attore, più volte coinvolto nella rappresentazione sul palcoscenico di celebrità della scienza, Fabio mi chiedeva come stesse andando l’esperimento su cui lavoro, argomento di cui avevamo parlato anche l’anno precedente. Ho provato a metter su una metafora che mi è parso l’abbia convinto, così ho pensato di riprenderla qui.

Raccontavo a Fabio che trascorro meno tempo del solito in laboratorio, con camice e guanti, mentre sono spesso alla scrivania a smanettare con R e l’analisi delle misure del trascrittoma. Come spiegare allora le -omics, come la trascrittomica, la proteomica o la metabolomica? Si parte da misure su una quantità spropositata di entità osservabili, per poi cercare di mettere ordine ed evincere quali processi si possono essere innescati (in un sistema cellulare, in un tessuto di un organismo multicellulare). Un processo biologico può essere più o meno complesso, ma richiede sempre la partecipazione di più ‘attori’ molecolari.
Tutti sapremmo interpretare la seguente scena: un salottino con un divano; di fianco, una libreria. Sul comodino vicino al divano si vede una tazza fumante, forse c‘è del tè. A terra, proprio davanti al divano, si trovano un telefono cordless ed un libro aperto, poggiato a rovescio. Sul divano c‘è un cane che sonnecchia. Accanto, una netta piega sulla fodera del divano. Evidentemente c’era qualcuno sul divano, si stava rilassando con un libro ed una tazza di tè. Si è alzato, da poco per fare altro.
L’interpretazione delle misure di trascrittomica procede in modo simile. Il divano, il cane e la tazza di tè sono sostituiti da entità molecolari più o meno note alla comunità scientifica in toto (seppure non tutte note all’investigatore ed aventi nomi come p53, ras, cdkn1a, brca1, jnk etc) ed afferenti a molteplici processi oppure eventi, ognuno dei quali può essere descritto come la scena del tizio che si rilassava sul divano.

Affinché sia possibile puntare il dito verso la manifestazione di un certo processo biologico, occorre che più attori si trovino sulla scena contemporaneamente. La sola tazza fumante, senza cane sul divano, senza libro e senza telefono, non raccontano la stessa storia. Magari la tazza è stata messa lì da qualcuno in attesa che un’altra persona passasse a prenderla, ma questa è...tutta un’altra scena.

In bocca al lupo, Sherlock.

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24 dic 2009

Auguri a tutt' quante

Ma dai?

Ho sempre trovato piuttosto ridicolo l’uso ostinato della lingua nazionale, inteso come strumento per evitare l’invasione di termini appartenenti a lingue straniere, come chiamare ordinateur quello che molti chiamano computer.
Ed ora….informatici, ristoratori, baristi…tremate! Nel nostro Parlamento (quello in cui dovrebbero sedere, e legiferare, i nostri Deputati ed i Senatori, gli Onorevoli che ci rappresentano) è stata proposta l’istituzione di un Consiglio per difendere la lingua Italiana, quella ‘pura’, si intende. Ed allora preparatevi a cancellare le parole computer, SMS, croissant, nouvelle cuisine... ed a sostituirle con quelli raccomandati dal suddetto Consiglio, presumibilmente.

Carla: Amore, temo che il CUP sarà fuori uso per cui non so come fare per inviarti un messaggio di posta elettronica

Luca: Che cosa c’entra ora il Centro Unico Prenotazioni? Ho già prenotato la tua visita e non resta che pagare il ticket per il tuo day hospital

Carla: Ma sei matto? Io intendevo il Calcolatore per Uso Personale¹. Per il resto, suppongo che tu ti riferisca alla tassa per la prestazione ambulatoriale in ospedale

Luca: Certo…ma allora mandami un SMS...

Carla: Non so di che parli. Al limite posso mandarti un SMB²

Luca: Ovviamente, mon amour.

Nella ricerca scientifica l’imposizione rigorosa di termini italiani sarebbe ridicola, oltre che di dubbia utilità. La flessibilità delle lingue è segno della loro vitalità. E’ nel loro DNA....ooops avrei dovuto scrivere ADN, l’acido desossiribonucleico. Of course.

Buon Natale a tutti!

¹ Un tempo noto come PC o personal computer

² Sistema per i Messaggi Brevi

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22 dic 2009

Se Ricerca ed Innovazione contano meno del cinema

Atipici

Il Sole 24 ore di ieri, 21 Dicembre, pubblicava il suo ventesimo rapporto annuale sulla qualita’ della vita nelle 107 province italiane, comprese le quattro nuove province sarde. Come gli altri anni, l’Italia appare spaccata in due, con le province del nord nell’area piu’ alta della classifica e quelle del sud al fanalino di coda. Penultima addio mia bella Napoli, seguita solo da Agrigento.
Stimolato dalla rassegna stampa per radio ho deciso di acquistare il quotidiano e sono andato a spulciare nel Dossier speciale del Lunedi, per capire quali sono i criteri secondo cui Trieste, Belluno, Sondrio ed anche Bolzano¹ appaiano cosi’ in alto mentre Caltanissetta, Napoli ed Agrigento sono cosi’ giu’ nella classifica. Lo studio e’ molto complesso e, almeno apparentemente, molto articolato, con indicatori accompagnati anche da interviste alla popolazione (dati di sentiment), con un campione di tutto rispetto di 700 persone intervistate per ciascuna provincia.

Pero’...
Curiosa la scelta di alcuni indicatori necessari per stilare sia la classifica generale sia le classifiche di categoria (gli indicatori afferenti alle aree “tenore di vita”, “affari e lavoro”, “ordine pubblico”, “servizi ed ambiente”, “popolazione”, “tempo libero”). La percentuale di occupazione femminile sostituisce quella dei giovani sotto i 35 anni. Non sarebbe meglio tenerle tutte e due? Forse pero’ e’ meglio non guardarlo il dato sull’occupazione giovanile perche’ sarebbe deprimente.

Vengo al dunque: Universita’ e Ricerca pesano poco nel quadretto presentato, nel senso che sembrano fare capolino come risultato finale piuttosto che come volano, come trainante dell’economia, dell’offerta culturale. Peccato. Sarebbe stato sufficiente mettere in risalto il successo di Trieste con il dato di fatto che l’area Triestina vanta il maggior numero di ricercatori per unita’ di popolazione². Un caso? Potrei esser stato distratto, ma trovo solo un indicatore “Scuole Superiori” inteso come disponibilita’ di scuole per giovani tra i 14 ed i 18 anni (vittoria della new entry Ogliastra e Nuoro) ed uno “Investimento in Formazione”, messo su per misurare il numero di laureati ogni mille giovani (Trieste prima classificata, sebbene il collegamento tra laurea e lavoro sembra non esser cosi’ ovvio).

Uno dei tanti indicatori riguarda il (numero di) imprese nuove in relazione alle cessazioni (Area “Affari e Lavoro”), ma non mi pare ci sia cenno, o lode, a chi segue la via dell’innovazione. Per chi si occupa di ricerca, innovazione ed educazione secondaria, una ricerca (quella pubblicata sul Sole) forse un po’ deludente. Comunque, un dossier colossale, consultabile anche online per gioire, o soffrire, della propria citta’.

¹ Una curiosita’ su Bolzano, che conosco poco essendoci stato solo un paio di volte e per tempi brevi. Nonostante l’ottavo posto in classifica generale, nell’indicatore “Impegno per gli altri”, definita come organizzazioni di volontariato ogni 1000 abitanti, Bolzano si classifica ultima.

² NATURE|Vol 438|15 December 2005

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17 dic 2009

Déjà vu

Assaggi

Uno stalcio di dura realta’: lo scambio di messaggi SMS avvenuto tra mia madre e me negli ultimi giorni.

Madre. Come va il lavoro a Roma?

io. Piuttosto impegnato, pieno zeppo di scadenze

Madre. Avete scoperto qualcosa?

io. Piu’ o meno. Scriviamo vari articoli. Spero che ce li accettino. Poi c’e’ il lavoro sperimentale…

Madre. Scrivici quando hai scoperto qualcosa di interessante

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14 dic 2009

Bozze & risposte

Peer review

Altro che letterine a Babbo Natale: insieme con i miei colleghi di lavoro si fa poco altro che scrivere bozze per due pubblicazioni scientifiche, definite in altrettante riunioni che rosicchiano gran parte della giornata. Se verranno giudicate meritevoli dai nostri pari, questo sarà stato il coronamento di un periodo fruttuoso. Abbiamo discusso anche dell’esito di un altro ‘manoscritto’ (in tempi antichi, forse, il nome era pertinente), inviato a giudizio pre-pubblicazione lo scorso Ottobre, e che evidentemente è piaciuto poco. Il giudizio dei nostri pari (anonimi) e dell’editore della rivista è insindacabile, ma alla volte può essere utile mandare una lettera di ricevuta al loro referto, in cui si ringraziano i pari che ci hanno giudicato, per il tempo che hanno dedicato alla lettura critica del lavoro.
Si può anche commentare il giudizio negativo che è stato emesso. Se ben articolata, questa ‘contro-valutazione’ potrebbe anche migliorare il processo di peer-review. Nel caso dell’articolo che ci è stato bocciato, avremmo potuto rispondere (e modificare il testo in modo adeguato) a molte delle domande e critiche che erano state sollevate dai revisori. Se solo ce l’avessero permesso, perché il rigetto è senza condizioni. E’ il vecchio problema del ‘chi giudica i giudici’: come revisore, mi è capitato di consigliare il rigetto di un manoscritto, e la sensazione mi era scomoda: bocciavo senza nemmeno poter ascoltare l’opinione del bocciato. E se fosse stato il mio giudizio a meritare la bocciatura?

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