Una nuova tecnica per il profilo epigenetico

Ottenere un’immagine dell’epigenoma umano in 3-4 giorni a partire da un piccolo campione di cellule. È la promessa di una nuova tecnologia sviluppata dai ricercatori del Campus Ifom-Ieo di Milano in collaborazione con l’Università degli studi di Milano, il Congenia-Genextra group e i team statunitensi del J. Craig Venter Institute di Rockville e del Sangamo BioSciences di Richmond.

La tecnica, descritta su Development Cell, permette di individuare il profilo epigenetico, cioè i meccanismi di regolazione del Dna, e le alterazioni a suo carico che causano patologie come il cancro.

Nel nostro organismo ogni cellula ha un patrimonio di circa 30 mila geni ereditati dai genitori. Affinché ciascuna cellula assuma un ruolo specifico – neurone, del sangue, epatica… – solo una parte di questi geni viene espressa, mentre gli altri vengono silenziati. Questo meccanismo selettivo, alla base della differenziazione, avviene tramite processi chimici che attivano alcuni geni e ne reprimono altri, senza alterare la sequenza del Dna.

A carico di questi meccanismi di regolazione, quindi a livello epigenetico, possono verificarsi le alterazioni che portano allo sviluppo dei tumori. Tali mutazioni, a differenza di quelle genetiche che avvengono nella sequenza del Dna, sono reversibili se trattate con farmaci. Da qui l’importanza di una tecnica che fornisca il profilo epigenetico di un paziente in tempi brevi, permettendo terapie personalizzate.

Il metodo realizzato dall’équipe di Saverio Minucci, del dipartimento di Oncologia sperimentale dell’Ifom-Ieo di Milano, si basa su un tipo di tecnologia “high throughput”, che consente di individuare in tempi molto veloci la frazione di Dna “attivo” (non silenziato) in ciascun tipo di cellula. Sperimentata in vivo su un milione di cellule umane, la tecnica ha fornito uno screening epigenetico affidabile al 90 per cento. Un buon risultato, se si pensa che altre tecnologie in fase di sviluppo richiedono un campione di cellule fino a cento volte superiore e forniscono dati che hanno un’affidabilità del 30 per cento appena.

Allo stato attuale i test sono condotti su individui sani affinché si possa avere una mappa del profilo epigenetico “normotipo”. Il passo successivo sarà quello di applicare l’analisi a pazienti affetti da patologie tumorali, ed individuare così le alterazioni epigenomiche coinvolte (r.p.).