Introduzione alla bioinformatica

Arthur M. LeskIntroduzione alla bioinformaticaMcGraw-Hill, 2004pp.270, euro 30,00Se la biologia ha conquistato il trono tra le scienze più importanti del nuovo millennio, grazie agli spettacolari successi ottenuti sul versante molecolare della vita, lo si deve in parte alla straordinaria integrazione che negli ultimi due decenni è avvenuta tra la ricerca biologica e i computer. L’introduzione dell’informatica ha infatti permesso l’organizzazione e la gestione di enormi masse di dati, a livelli prima assolutamente impensabili. L’esempio più noto e appariscente è il sequenziamento completo del genoma umano, completato nel 2000 in prima bozza e tre anni più tardi “raffinato” nei dettagli. Il Progetto Genoma fu portato a termine proprio grazie a sofisticati algoritmi capaci di leggere e mettere insieme molto rapidamente i pezzi di Dna estratti dalle macchine per il sequenziamento. Inoltre, il concorrente del consorzio pubblico – la Celera Genomics di Craig Venter – si basò proprio sul miglioramento dell’algoritmo di sequenziamento, più rapido di quello usato precedentemente.Il volume di Lesk si addentra proprio nel labirinto di questa disciplina che negli anni recenti ha compiuto veri passi da gigante, diventando onnipresente nella ricerca biologica d’avanguardia. L’argomento affrontato è ovviamente complesso, dunque il libro non è una lettura facile. Tuttavia, la sua organizzazione e la semplicità di scrittura lo rendono accessibile in molte sue parti anche ai non addetti ai lavori. Esso offre inoltre la possibilità di addentrarsi anche nelle questioni squisitamente tecniche della materia, dall’uso dei molti archivi presenti sul web ai software per visualizzare la struttura delle proteine. Il capitolo finale è dedicato a una delle applicazioni più interessanti e promettenti della bioinformatica, cioè la scoperta di nuovi principi attivi a scopo terapeutico. Il cosiddetto “drug design” consiste nel modellare al computer la molecola di un farmaco in modo da farla combaciare nel modo migliore con le proteine presenti nelle cellule che costituiscono il bersaglio della medicina. Poiché la struttura delle proteine è molto variabile, sono necessari numerosi tentativi prima di trovare la molecola giusta. Grazie alla crescente potenza di calcolo dei computer, il tempo necessario ad azzeccare l’esatta combinazione è destinato a diminuire nei prossimi anni, rendendo rapidamente possibili nuove scoperte farmacologiche.Integrano il volume degli esercizi che mettono alla prova il lettore (alcuni dei quali sono dei problemi risolvibili con l’uso dei siti web), oltre a numerosi esempi svolti, tra cui alcuni rudimenti di programmazione nel linguaggio PERL. Tuttavia, non di sola informatica si tratta: la componente biologica è onnipresente, presentata in modo chiaro e comprensibile, anche se necessita almeno di un’infarinatura di biologia molecolare. Alla fine di ogni capitolo è disponibile anche una breve bibliografia che consente di approfondire le tematiche delle diverse sezioni.